明朝制度，每三年考一次进士，会试在二月初九开始，十五结束。三月初一廷试。袁崇焕于万历四十七年在北京参加廷试而中进士，其时三十五岁。杨镐于该年二月誓师辽阳，三月间四路丧师。新中进士和大战溃败这两件事在同一个时候发生，袁崇焕这个向来关心边防的新进士一喜一忧，心情一定很复杂。他那时在京城，当然听到不少辽东战事的消息。
他中进士后，被分派到福建邵武去做知县。[31]
天启二年，他到北京来报告职务。他平日是很喜欢高谈阔论的，大概在北京和友人谈话时，发表了一些对辽东军事的见解，很是中肯，引起了御史侯恂（才子侯方域的父亲）的注意，便向朝廷保荐他有军事才能，于是获升为兵部职方司主事（自正七品的知县升为正六品的主事）。不做地方官了，被派到中央政府的国防部去办事。
明朝官制，兵部（国防部）尚书（部长）一人，左右侍郎（副部长）各一人，下面分设四个司：武选（武官人事）、职方（军政、军令）、车驾（警备、通讯、马匹）、武库（后勤、训练）。职方司约略类似于现代的作战司，职方司有郎中一人、员外郎一人、主事二人。主事大概相当于作战司的文职中校处长。
袁崇焕任兵部主事不久，王化贞大军在广宁覆没，满朝惊惶失措。
清兵势如破竹，锐不可当，自万历四十六年到那时，四年多的时间内，覆没了明军数十万大军，攻占抚顺、开原、铁岭、沈阳、辽阳，直逼山海关。明军打一仗，败一仗，山海关是不是守得住，谁都不敢说。山海关一失，清兵就长驱而到北京了。
于是北京宣布戒严，进入紧急状态。
可是关外的局势到底怎样，传到北京的说法多得很，局势越不利，谣言越多，这是人类社会的通例。谣言满天飞，谁也无法辨别真假。就在这京师中人心惶惶的时候，袁崇焕骑了一匹马，孤身一人出关去考察。兵部中忽然不见了袁主事，大家十分惊讶，家人也不知他到了那里。不久他回到北京，向上司详细报告关上形势，宣称：“只要给我兵马粮饷，我一人足可守得住山海关。”
这件事充分表现了他行事任性，很有胆识，敢作敢为而脚踏实地，但狂气也是十足。若在平时，他上司多半要斥责他擅离职守，罢他的官，但这时朝廷正在忧急彷徨之际，听他说得头头是道，便升他为兵备佥事，那是都察院的官，大概相当于现代文职的参谋部上校政治主任之类，派他去助守山海关。袁崇焕终于得到了他梦想已久的机会，雄心勃勃的到国防前线去效力。
他的豪语一定使朝中大官们印象十分深刻，所以得到朝廷的支持，从他家乡招募了一批兵员去。[32]当时守山海关的主要是新到的浙江兵。另有三千名广东水兵，在袁崇焕之后到达。袁崇焕认为广东步兵勇捷善战，推荐他叔父袁玉佩负责招募三千名，其中包括袁崇焕平生所结纳的亲信和死士韩润昌、谢尚政、洪安澜等人。他又认为广西狼兵雄于天下，冲锋陷阵，恬不畏死，申请于田州、泗城州、龙英州各调二千名，由慷慨知名、且善武艺的林翔凤带领，林是他的至戚。朝廷一一批准。[33]
他到山海关后，作为辽东经略（东北军区总司令）王在晋的下属，初时在关内办事。王在晋见他任事干练，很是倚重，派他出关到前屯卫去收抚流离失所的难民。袁崇焕奉命之后，当夜出发，在荆棘虎豹之中夜行，四更天时到达。前屯城中将士无不佩服。袁崇焕本是书生，这一来，兵将都服了他了。
王在晋奏请正式任他为宁前兵备佥事。袁崇焕本来是没有专责的散官，现在有了驻地，相当于宁远、前屯卫二城的城防司令部政治主任，身当山海关外抗御清兵的第一道防线。宁远在最前线，前屯卫稍后。不过他虽负责防守宁远、前屯卫，第一线的宁远却没有城墙，没有防御工事，根本无城可守。他只得驻守在前屯卫。
至于明军一切守御设施，都集中在山海关。山海关是“天下第一关”，防守京师的第一大要塞，然而它没有外围阵地。清兵倘若来攻，立刻就冲到关门之前。
稍有军事常识的人都立刻会看出来，单是守御山海关，未免太过危险，没有丝毫退步的余地。只要一仗打败，这个大要塞就失守，敌军便攻到北京。所以在战略形势上，必须将防线向北移，越是推向北方，山海关越安全，北京也越安全。
袁崇焕一再向上司提出这个关键问题。王在晋是万历二十年进士、江苏太仓人的文弱书生（苏州的白面书生），根本不懂军事，眼光短浅，胆子又小，听袁崇焕说要在关外守关，想想道理倒也是对的，便主张在山海关外八里的八里铺筑城守御。他一定想，离山海关太远，逃不回来，那怎么得了？袁崇焕认为只守八里的土地没有用，外围阵地太窄，起不了屏障山海关的作用，和王在晋争论，王不采纳他的意见。于是袁崇焕去向首辅叶向高申请，叶也不理。
袁崇焕的主张虽然正确，然而和顶头上司争论了一场之后，意见不蒙采纳，竟迳自去向最高行政首长投诉。越级呈报是官场大忌，他做官的方式却大大不对了。这又是他蛮劲的表现之一。
这时宁远之北的十三山有败卒难民十余万人，给清兵困住了不能出来。朝廷叫大学士孙承宗设法解救。袁崇焕申请由自己带兵五千进驻宁远作声援。另派骁将到十三山去救回溃散了的部队和难民。王在晋觉得这个军事行动太冒险，不加采纳。结果十余万败卒难民都被清兵俘虏，只有六千人逃回。
满清这时在经济上实行奴隶制度，女真人当兵打仗，以抢劫财物为主要工作，认为男子汉耕田种地是耻辱，所以俘虏了汉人和朝鲜人来耕种。汉人、朝鲜人的奴隶是可以买卖的，当时价格是每个精壮汉人约为十八两银子，或换耕牛一头。[34]十三山的十多万汉人被俘虏了去，都成为奴隶，当然受苦不堪，同时更大大增加了满清的经济力量。
那时袁崇焕仍极力主张筑城宁远。朝廷中的大臣都反对，认为宁远太远，守不住。大学士孙承宗是个有见识之人，亲自出关巡视，了解具体情况，接受了袁崇焕的看法。
不久孙承宗代王在晋作辽东主帅。天启二年九月，孙承宗派袁崇焕与副将满桂带兵驻守宁远，这是袁崇焕领军的开始。
满桂是蒙古人，骁勇善战。从那时起，他和袁崇焕的命运就永远结合在一起，再也分不开了。一个蒙古武将，一个广东统帅，都是十分刚硬、十分倔强的脾气。两人一起经历了多次生死患难，也有过不知多少次激烈的争吵。一直到死，两人仍是在争吵。但在两人的内心，却又一定互相钦佩。那既是英雄重英雄的心情，又知在抗拒清兵大敌之时，非仰仗对方的力量不可。高明的组织才能和正确的战略决策是必要的，亲临前敌、殊死决战的刚勇也是必要的。
宁远在山海关外二百余里，只守八里和守到二百多里以外，战略形势当然大有区别。
宁远现在叫作兴城，有铁路经过，是锦州与山海关之间的中间站。地滨连山湾，与葫芦岛相距甚近。我真盼望将来总有一日能到兴城去住几天，好好的看看这个地方。
天启三年九月，袁崇焕到达宁远。
本来，孙承宗已派游击祖大寿在宁远筑城，但祖大寿料想明军一定守不住，只筑了十分之一，敷衍了事。
袁崇焕到后，当即大张旗鼓、雷厉风行的进行筑城，立了规格：城墙高三丈二尺，城雉再高六尺，城墙墙址广三丈，派祖大寿等督工。袁崇焕与将士同甘共苦，善待百姓，当他们是家人父兄一般，所以筑城时人人尽力。次年完工，城高墙厚，成为关外的重镇。这座城墙是袁崇焕一生功业的基础。这座城墙把满清重兵挡在山海关外达二十一年之久，如果不是吴三桂把清兵引进关来，不知道还要阻挡多少年。
关外终于有了一个安全的地方。这些年来，辽东辽西的汉人流离失所，如给满洲人掳去，便成了奴隶，于是关外的汉人纷纷踊到，远近认为乐土，人口大增。宁远城一筑成，明朝的国防前线向北推移了二百余里。
袁崇焕同时开始整饬军纪，他发现一名校官虚报兵额，吞没粮饷，蛮子脾气发作，当即将他斩了。但按照规定，他是无权擅自处斩军官的。孙承宗大怒，骂他越权。袁崇焕叩头谢罪。孙承宗也就算了。他后来擅杀毛文龙，在这时可说已伏下了因子。
孙承宗也是个积极进取型的人物，这时向朝廷请饷二十四万两，准备对清军发动进攻。孙承宗是教天启皇帝读书的老师，天启对老师很不错，立刻就批准了。但兵部尚书与工部尚书互相商议说：“军饷一足，此人就要轻举妄动了。”所以决定不让他“饷足”，采取公文旅行的拖延办法，使孙承宗的战略无法进行。孙承宗于是进行屯田政策，由军士自耕自食，也得到很大的成效。
天启四年，袁崇焕与大将马世龙、王世钦等率领一万二千名骑兵步兵东巡广宁。广宁即今北镇县，在锦州之北，与满清重镇沈阳已慢慢接近了。袁崇焕还没有和清兵交过手，这次已含有主动挑战的意味。但清兵没有应战。袁崇焕一军通过大凌河的出口十三山，从海道还宁远。这时清兵已退出十三山。
袁崇焕这次陆海出巡，写了一首诗，题目是“偕诸将游海岛”，不说“率诸将”而说“偕诸将”，不说“巡海岛”而说“游海岛”，颇有儒将的雅量高致。诗中很清楚的抒写了他的心情：是战是守的方略苦受朝廷牵制，不能自由，见到大好河山，更加深了忧愁。对荣华富贵我早已看得极淡，满腔忠愤，却只怕别人要说是杞人忧天。外敌的侵犯最后总是能平定的，但朝廷中争权夺利的斗争却实是大患，不知几时方能停止？看到天上浮云，冷清清的月亮，又想到我父亲逝世，伤心得肠也要断了。
短短三四年之间，从京师戒严到东巡广宁，军事从守势转为攻势，这主要是孙承宗主持之功，而袁崇焕也贡献了很多方略。
孙承宗很赏识他，尽力加以提拔。袁崇焕因功升为兵备副使，再升右参政。孙承宗对他言听计从，委任甚专。
天启五年夏，一切准备就绪，孙承宗根据袁崇焕的策划，派遣诸将分屯锦州、松山、杏山、右屯、大凌河、小凌河诸要塞，又向北推进了二百里，几乎完全收复了辽河以西的旧地，这时宁远又变成内地了。
清兵见敌人稳扎稳打，步步为营的推进，四年之中也不敢来犯。然而进攻的准备工作却做得十分积极，努尔哈赤将京城从太子河右岸的东京城移到了沈阳，以便于南下攻明、西取蒙古，保持充分的出击姿态。
孙承宗有才识，有担当，有气魄，袁崇焕对他既钦佩，又有知遇的感激，这样的上司是极难遇到的。眼见他和孙承宗的共同计划正在一步步的实现，按部就班的收复失地，这几年袁崇焕一定过得十分快乐。他和手下将领满桂、左辅、朱梅、祖大寿、何可纲、赵率教、孙祖寿等人的战斗友谊，也在这些日子中不断加深。[35]
可是好景不常，时局渐渐变坏。天启皇帝熹宗越来越喜欢做木工。魏忠贤的权力越来越大，尽量发挥他地痞流氓性格中的无赖、无知、无耻、以及无法无天。
天启五年，魏忠贤大举屠戮朝廷里的正人君子，将弹劾他二十四条大罪的杨涟下狱。同时下狱的有左光斗、魏大中、袁化中等大臣，所诬陷的罪名是贪污。百姓大愤，数万士民在北京街道上呼叫大哭。魏忠贤不敢正式审讯，命狱卒在监狱中打死了这些大臣。杨涟死得最惨，土囊压身，铁钉贯耳。
不久，魏忠贤又杀熊廷弼。
熊廷弼在辽东立有大功，蒙冤入狱，百姓都很同情他。民间流传一部绣像演义小说《辽东传》，描写熊廷弼守辽东的英勇事迹。魏忠贤的徒党中有一个名叫冯铨的，他父亲当年在辽东作布政的官，清兵未到，先就鼠窜南逃。《辽东传》第四十八回有“冯布政父子奔逃”一节，描写冯铨父子弃职而逃的狼狈丑态，可说是当时的“新闻体小说”。
冯铨对这事深为怀恨，又要讨好魏忠贤，于是买了一部《辽东传》放在衣袖里，见到熹宗后，把小说拿出来，诬告说：“这部演义小说是熊廷弼作的，他吹嘘自己的功劳，想要免罪。”熹宗信以为真，登时大怒。大概他看到小说中的绣像将熊廷弼画得威风凛凛，而文字中或许对皇帝还颇有讽刺，于是即刻下旨将熊廷弼斩首，还将他的首级送到各处边界上去给守军观看，那就叫做“传首九边”，说他犯了不战的大罪。然而真正应当负责的王化贞反而不杀。
文字狱也开始发展。江苏太仓的两个文人作诗哀悼熊廷弼，都被加以“诽谤”罪名而处斩。[36]
魏忠贤喜欢文官武将送他贿赂，越多越好。孙承宗带兵十多万，粮饷很多，应当大量克扣下来转奉给他“九千岁”才是。孙承宗不肯这样办，魏忠贤自然不喜欢，于是派了个吹牛拍马的小人高第去代孙承宗作辽东经略。高第一到任，立刻就说关外之地不可守，要撤去关外各城的守御，将部队全部撤入山海关。
这战略之胡涂，真是不可理喻。那时清兵又没有来攻，完全没有撤兵逃命的必要。大概他是怕一旦来攻，非败不可，还是先行撤兵比较安全。
袁崇焕当然极力反对，对高第说：“兵法有进无退。诸城既已收复，怎可随便撤退？锦州、右屯卫一动摇，宁前就震惊，山海关也失了保障。这些外卫城池只要派良将守御，一定不会有危险的。”高第不听，下令宁远、前屯卫也撤兵。
袁崇焕倔强得很，抗命不听，说道：“我做的是宁前道的官，守土有责，与城共存亡，决计不撤。”
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